縁起は明治37年、曹洞宗大本山永平寺の直末寺である實相山中央寺（札幌市中央区）二世住職の禅外卍宗禅師が、札幌市東区に金龍山大覚寺を開山したことにある。やがて、大正5年12月5日、大覚寺四世の大震哲宗禅師が大覚寺法務所として札幌市藤野四区に仮本堂を設立し、その後、昭和17年11月に同市石山に移転。昭和20年11月、齋藤瑞光住職が就任すると翌21年3月1日、永平寺直系の末寺として瑞現寺が開山した。

現住職は寺号公称50周年を期して伽藍再建を決意し着工。建築総面積950坪の大工事は平成6年6月から1年3ヶ月がかりで完成した。本堂には瑞光和尚が住した国後島、作善寺に祀られていた釈迦如来、文殊菩薩、普賢菩薩が当時のままの姿で安置されている。平成8年5月25日には、大本山永平寺貫主宮崎奕保禅師を拝請して落慶大法要が厳修された。

現在、周辺の寺院と共に「座禅会」「御詠歌」「写経会」を行うなど、禅宗の教をさまざまな取り組みで広めている。